El mecanismo patogénico especifico por el que él protozoo Giardia causa enfermedad no ha sido identificado. Se habla de una patogenia multifactorial y se han implicado a factores dependientes tanto del parásito como del hospedador.

- Produce daño por mecanismos mecánicos y tóxicos, acción directa en enterocito.
- Alteraciones histoquímicas de la mucosa intestinal, debidas a la activación de los linfocitos T por la presencia de proteínas variantes de superficie
- La carga parasitaria en relación a inflamación (irritación intestinal por fijación del parasito en la mucosa). Hay zonas normales.
- Mala absorción intestinal que afecta a lípidos, hidratos de carbono y prótidos
- Puede haber enfermedad hepatobiliar, donde no tengamos la bilis por las
- sales biliares que son esénciales para la absorción de grasas.
- Déficit de vitamina B12 y vitamina A (liposoluble)
- No hay absorción de grasas
- Vellosidades romas y atróficas por lo que el transito intestinal va rápido
- Disgamaglobulinemia: Disminución de IgA en intestino, no en suero
- La Giardiasis está asociada a hiperplasia linfoide nodular
- Por su acción la atrofia de microvellosidades, puede:
- Afectar acción de discaridasas: Disminución lactasas, sacarasas
- Tripsina y lipasa
- Producir Trastorno en el transporte de glucosa-sodio
- Reducir la absorción de solutos
- Aparece también eosinofilia y leucocitosis.
- Inmunodeficiencia humoral, como la hipogammaglobulinemia (congénita, común variable, ligada al cromosoma X)
- El déficit selectivo de IgA (afecta al 10% de la población)
- La malnutrición calórico-proteica aumenta la gravedad de la giardiasis por disminución de la producción de enterocitos en los villis intestinales.
- La microflora intestinal, imprescindible para la expresión de la patogenicidad de Giardia.
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